Alas Purwo menghadapi berbagai rintangan dalam menjaga kelestariannya, termasuk ancaman dari aktivitas ilegal seperti eksploitasi kayu yang merusak vegetasi asli dan mengancam keberlangsungan ekosistem uniknya. Perubahan penggunaan lahan di sekitar kawasan menjadi kendala signifikan, mengurangi habitat alami satwa endemik seperti banteng Jawa dan penyu hijau yang menjadi simbol biodiversitas daerah ini. Selain itu, lonjakan kunjungan wisatawan, terutama di spot populer seperti Pantai Plengkung (G-Land), dapat mengganggu keseimbangan ekologi jika tidak diatur dengan ketat, terutama pada musim puncak wisata. Faktor alam seperti erosi pantai di wilayah pesisir menambah kompleksitas upaya pelindungan, memerlukan strategi inovatif seperti pembangunan tanggul alami untuk menjaga keaslian Alas Purwo.

Selain itu, keterbatasan dana dan sumber daya manusia menjadi hambatan dalam melaksanakan patroli rutin, yang sangat penting untuk mencegah perambahan dan pencemaran lingkungan. Konflik antara kepentingan lokal, seperti kebutuhan masyarakat akan sumber daya alam, dengan tujuan konservasi juga sering muncul, menuntut pendekatan dialogis yang inklusif. Perubahan iklim yang menyebabkan pola hujan tidak menentu turut memengaruhi pertumbuhan flora endemik, seperti sawo kecik, yang rentan terhadap kekeringan berkepanjangan. Untuk mengatasi tantangan ini, diperlukan kolaborasi antarpihak, termasuk pemerintah, organisasi lingkungan, dan komunitas setempat, guna menciptakan solusi berkelanjutan. Pendidikan lingkungan yang lebih intensif juga menjadi kunci untuk mengubah perilaku masyarakat dan wisatawan, memastikan Alas Purwo tetap menjadi cagar alam yang terjaga untuk generasi mendatang. Dengan pendekatan holistik, tantangan ini dapat diatasi, menjadikan Alas Purwo sebagai teladan konservasi di Indonesia.